Després de passar anys apartats del món humà, els germans Tortuga es proposen guanyar-se el cor dels habitants de Nova York i que els acceptin com a nois normals, duent a terme actes heroics. La seva amiga April O'Neil els ajuda a enfrontar-se a un misteriós sindicat del crim, però aviat es veuen superats davant l'atac d'un exèrcit de mutants que se’ls hi abalança.